Der Fluss entspringt als Kubango im Zentrum von Angola und fließt ganz unüblicher Weise  in das abflusslose, wüstenhafte Landesinnere von Botswana.

Kurz nach Andara bildet er mit seinen Stromschnellen die Popafälle. Dann erreicht er das nordwestliche Botswana. Dort versickert das Wasser des Flusses in den Sümpfen des (oberirdisch) abflusslosen Okavangobeckens in einem 15.000 km² großen und sumpfigen Binnendelta (Okavangodelta), das im Nordosten der Kalahari liegt. Darin liegt auch das Moremi-Wildreservat.

Fluss-Kreuzfahrt auf dem Okavango

Die teils tiefen und schnell fließenden Gewässer sind gesäumt durch Sümpfe, schilfbestandene Uferpartien, Seitenkanäle und kleine Galeriewälder. Der Wasserstand erreicht nach der Regenzeit im April und Mai seinen Höhepunkt. Die Landschaft auf dem Fluss beeindruckt durch Ruhe und Beschaulichkeit und sind ein Paradies für große Brassen und Tigerfische.
Eines der beliebtesten Kreuzfahrtprogramme ist:
1. Tag: Fahrt von Shakawe kurze Fahrt zum Fluss zum Hausboot. Kreuzfahrt flussabwärts bis zu einem Ankerplatz. Am 2. Tag werden mit dem Beiboot einige der vielen kleinen Kanäle erforscht und Vögel beobachtet.  Für Interessierte gibt es eine Angelmöglichkeit.
Der dritte Tag ist für einen Ausflug nach Tsodilo Hills reserviert. Das sind die heiligen Hügeln der Buschleute und Weltkulturerbe der UNESCO für über 4000 Felszeichnungen. Die Reisenden erwartet eine faszinierende Atmosphäre voller Magie, Mystik und Abenteuer.
Am 4. Tag kreuzt das Boot flussaufwärts. Rückfahrt von Shakawe mit dem Minibus nach Maun.

Wenn die Regenzeit einsetzt, entwickelt sich der Okavango zu einem reißenden Strom, der sein sumpfiges Delta mit reichlich Wasser versorgt. Im Jahresdurchschnitt liefert er etwa 10 Milliarden m³ Wasser in sein abflussloses Binnendelta.